Uma forma bastante interessante de se manter um controle sobre os arquivos, principalmente os de sistema, é gerar o hash dos principais arquivos e guardar em uma tabela para futuras pesquisas.

Gerando o hash de um arquivo, se houver qualquer tipo de alteração nele, ao rodar novamente o cálculo do hash MD5, o resultado do hash será diferente do resultado original.

No linux, você pode gerar o hash MD5 de um arquivo digitando o seguinte comando:

md5sum arquivo

Por exemplo, um cálculo de hash em um arquivo ficaria assim o resultado:

md5sum dic.txt

8f1d3d9518b9a09acf68c9db12ef29ac  dic.txt

Vamos alterar esse arquivo, acrescentando uma linha e após salvar, gerando novamente a função hash, teremos um novo resultado:

md5sum dic.txt

49526713e47393a7ffcb532fcff8fe9a  dic.txt

Ou seja, dessa forma, você poderá fazer um hash md5 de seus arquivos e quando precisar, verificar o hash para saber se ocorreu alguma alteração.